毛細(xì)管電泳的類型主要有三種：毛細(xì)管區(qū)帶電泳、毛細(xì)管等電聚焦電泳、毛細(xì)管凝膠電泳。毛細(xì)管電泳一般包括三個(gè)步驟：電泳柱的制備，平衡；進(jìn)樣；電泳分析。其電泳柱的制備方式不同于前面所介紹的任何電泳；其進(jìn)樣方式也不同于常規(guī)電泳，而采用流體力學(xué)方式，與ＨＰＬＣ的相似；其電泳分析也不同于常規(guī)電泳的染色后分析，而采用在線分析。
      毛細(xì)管電泳的主要特點(diǎn)是柱效更高，分析更快，操作靈活、多樣。在毛細(xì)管電泳中，擴(kuò)散對(duì)分辨率的影響可以忽略，而毛細(xì)管內(nèi)的電滲、樣品同管  壁的吸附作用則是影響分離效率的兩個(gè)主要因素。由于毛細(xì)管內(nèi)壁表面帶有離子化基團(tuán)，使得管壁不同程度地吸引樣品分子，造成非均一性電滲流而影響分離。為此，可以通過(guò)使蛋白質(zhì)與管壁的硅羥基都不帶電或都帶負(fù)電荷來(lái)改善這種吸附和電滲情況，但更有效的解決方法是對(duì)毛細(xì)管內(nèi)壁進(jìn)行改性。因此在毛細(xì)管電泳中，毛細(xì)管電泳柱的制備是一個(gè)重要環(huán)節(jié)，其制備主要包括鍵合涂層和吸附涂層。通過(guò)對(duì)石英毛細(xì)管內(nèi)壁進(jìn)行涂層處理，能有效地減少毛細(xì)管內(nèi)壁對(duì)蛋白質(zhì)的吸附作用，從而抑制電滲，提高柱效，改善分離效果，如常見(jiàn)的硅烷化處理。

       毛細(xì)管電泳的另一主要特點(diǎn)是它能實(shí)現(xiàn)在線檢測(cè)，其檢測(cè)器主要有紫外可見(jiàn)光檢測(cè)器、熒光檢測(cè)器和激光誘導(dǎo)熒光檢測(cè)器，三者的檢測(cè)靈敏度不斷提高，但后兩者需對(duì)樣品進(jìn)行衍生化處理。

在線檢測(cè)和自動(dòng)化操作，因此它已成為一種高效分離技術(shù)，并常與質(zhì)譜等分析儀器聯(lián)用，實(shí)現(xiàn)對(duì)樣品的快速、高效分離分析。毛細(xì)管電泳的分離原理同常規(guī)電泳。