(1)亞磷酰胺三酯法合成DNA
亞磷酰胺三酯法合成DNA片段, 已被DNA合成儀廣泛使用, 使得合成DNA片段成為一件非常簡單易行的工作. 亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的, 合成的方向是由待合成引物的3'端向5'端, 相鄰的核苷酸通過3'-5'磷酸二酯鍵連接。
第一步是將預(yù)先連接在固相載體上其活性基團(tuán)被保護(hù)的核苷酸與三氯乙酸反應(yīng), 脫去其5'一經(jīng)基的保護(hù)基團(tuán)DMT, 獲得游離的5'-羥基:
第二步是合成DNA的原料(亞磷酰胺保護(hù)核苷酸單體)與活化劑四氮唑混合, 得到反應(yīng)活性很高的核苷亞磷酸活化中間體(它的3'端被活化, 5'-羥基仍然被DMT保護(hù)), 與溶液中游離的5'-羥基發(fā)生縮合反應(yīng), 這個(gè)反應(yīng)時(shí)間很快。
第三步是帶帽反應(yīng), 縮合反應(yīng)中可能有的極少數(shù)5'-羥基沒有參加反應(yīng)(合格的合成試劑縮合效率一定會(huì)大于98% , 所以未參加反應(yīng)的少于2%, 合成過程使用乙酸酐和1-甲基咪嗤使這些核苷5'-輕基反應(yīng)形成酰, 終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng), 這種短片段可以在純化時(shí)分離掉,這步反應(yīng)同樣是快速高效的。
第四步,縮合后在氧化劑碘的作用下, 亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦€(wěn)定的磷酸三酯。經(jīng)過以上四個(gè)步驟, 一個(gè)脫氧核苷酸被連接到固相載體的核苷酸上。再以三氯乙酸脫去它的5'-羥基上的保護(hù)基團(tuán)OMT, 重復(fù)以上步驟, 直到所有要求合成的堿基被接去。
亞磷酰胺三酯法合成DNA片段, 已被DNA合成儀廣泛使用, 使得合成DNA片段成為一件非常簡單易行的工作. 亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的, 合成的方向是由待合成引物的3'端向5'端, 相鄰的核苷酸通過3'-5'磷酸二酯鍵連接。
第一步是將預(yù)先連接在固相載體上其活性基團(tuán)被保護(hù)的核苷酸與三氯乙酸反應(yīng), 脫去其5'一經(jīng)基的保護(hù)基團(tuán)DMT, 獲得游離的5'-羥基:
第二步是合成DNA的原料(亞磷酰胺保護(hù)核苷酸單體)與活化劑四氮唑混合, 得到反應(yīng)活性很高的核苷亞磷酸活化中間體(它的3'端被活化, 5'-羥基仍然被DMT保護(hù)), 與溶液中游離的5'-羥基發(fā)生縮合反應(yīng), 這個(gè)反應(yīng)時(shí)間很快。
第三步是帶帽反應(yīng), 縮合反應(yīng)中可能有的極少數(shù)5'-羥基沒有參加反應(yīng)(合格的合成試劑縮合效率一定會(huì)大于98% , 所以未參加反應(yīng)的少于2%, 合成過程使用乙酸酐和1-甲基咪嗤使這些核苷5'-輕基反應(yīng)形成酰, 終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng), 這種短片段可以在純化時(shí)分離掉,這步反應(yīng)同樣是快速高效的。
第四步,縮合后在氧化劑碘的作用下, 亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦€(wěn)定的磷酸三酯。經(jīng)過以上四個(gè)步驟, 一個(gè)脫氧核苷酸被連接到固相載體的核苷酸上。再以三氯乙酸脫去它的5'-羥基上的保護(hù)基團(tuán)OMT, 重復(fù)以上步驟, 直到所有要求合成的堿基被接去。
(2)總產(chǎn)量
假設(shè)第一次寡核昔酸偶聯(lián)步驟(第二管)最后稀釋的DMT(二甲氧基三苯甲基,trityl)的吸收為X, 懸后一次偶聯(lián)(最后一管)最后稀釋的O MT吸收為Y, 則總產(chǎn)量=Y(jié)/X。
(3)偶聯(lián)率
(3)偶聯(lián)率
利用總產(chǎn)董求出每步產(chǎn)量, 每步百分產(chǎn)量被稱為偶聯(lián)率。 合成N mer, 測得最后脫DMT的吸收為Y, 第二次脫DMT的吸收為X, 則每步產(chǎn)量=, 偶聯(lián)率=每步產(chǎn)量×100%。
(4)將光密度單位(ODU)轉(zhuǎn)變?yōu)橘窨藬?shù)
一般1mg冰凍的寡核旮酸相當(dāng)千大約25 ODU (254nm) 。
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